BEGIN:VCALENDAR VERSION:2.0 PRODID:-//Date iCal//NONSGML kigkonsult.se iCalcreator 2.20.2// METHOD:PUBLISH X-WR-CALNAME;VALUE=TEXT:Eventi DIAG BEGIN:VTIMEZONE TZID:Europe/Paris BEGIN:STANDARD DTSTART:20211031T030000 TZOFFSETFROM:+0200 TZOFFSETTO:+0100 TZNAME:CET END:STANDARD BEGIN:DAYLIGHT DTSTART:20220327T020000 TZOFFSETFROM:+0100 TZOFFSETTO:+0200 TZNAME:CEST END:DAYLIGHT END:VTIMEZONE BEGIN:VEVENT UID:calendar.24096.field_data.0@www.ugov-ricerca.uniroma1.it DTSTAMP:20260413T202757Z CREATED:20220321T174718Z DESCRIPTION:In ottemperanza ai requisiti previsti dalla procedura valutativ a ai fini della chiamata a Professore di I Fascia ai sensi dell’art. 24\, commi 5 e 6 per il Settore Concorsuale 09/G2 – Settore Scientifico Discipl inare ING-INF/06 presso il Dipartimento di Ingegneria informatica\, automa tica e gestionale Antonio Ruberti\, codice concorso 2021POR071\, D.R. n. 3 298/2021 del 10.12.2021\, venerdì 25 marzo 2022 alle ore 13:00\,  si terrà il seminario pubblico di Lorenzo Farina sulle sue attività di ricerca\, i n modalità mista:presso l'Aula A6 del DIAGin collegamento Zoom (ID: 871 93 35 8590\, Passcode: 008272)  Titolo:  Il linguaggio delle reti per la medi cina di precisione Riassunto: In questo seminario verrà presentata l'attiv ità di ricerca più recente del relatore\, e in particolare\, lo studio e l 'applicazione della teoria delle reti complesse alla biologia e alla medic ina di precisione che prende il nome di 'network medicine'.  Note biografi che:  Lorenzo Farina si è laureato in Ingegneria Elettronica (cum laude) e conseguito il dottorato di ricerca in 'Ingegneria dei Sistemi' alla Sapie nza\, Università di Roma. Attualmente è professore associato (settore disc iplinare ING-INF/06 - Bioingegneria elettronica e informatica) presso la s tessa università. E' co-destinatario del 'Guillemin-Cauer Award' del 2001 per il miglior articolo apparso sulle IEEE Transactions on Circuits and Sy stems\, del premio 'SysBio' per il miglior articolo dell'anno 2014 ed è st ato membro dal 2005 al 2008 del comitato scientifico del 'Ruberti Prize' d ella IEEE Control Systems Society. Ha partecipato alla istituzione (insiem e a G. Macino) del corso di laurea triennale interfacoltà in 'Bioinformati cs'\, primo corso di laurea in Italia nel settore delle biotecnologie che riunisce competenze multidisciplinari da 4 facoltà (I3S\, Scienze\, Medici na e Chirurgia\, Medicina e Farmacia)\, di cui è vice presidente. Ha parte cipato alla istituzione del corso di laurea in 'Medicina e Chirurgia HT' c ome rappresentante dela facoltà I3S. Inoltre\, ha partecipato alla istituz ione (insieme a P. Marchetti\, M. Nuti\, E. Ferretti e A. Rughetti) del co rso di dottorato in 'Network oncology and precision medicine'. Sul tema di ricerca della 'network medicine' ha tenuto numerose lezioni invitate\, fr a le quali\, un seminario all'Accademia Nazionale de Lincei\, due seminari alla Sapienza School for Advanced Studies\, uno alla International School of Advanced Studies (SISSA) di Trieste\, una al centro di Oncogenomica de ll'Istituto Regina Elena di Roma ed una alla prima conferenza congiunta Ha rvard/Sapienza su 'Network medicine and big data: the trasformation of med icine' che si è tenuta a Roma\, nel 2018. E' co-autore (con S. Rinaldi) de l volume 'Positive Linear Systems: Theory and Applications' Edito da Wiley (2000) che ha ricevuto più di 2500 citazioni (fonte Google Scholar) e del libro di testo (con L. Benvenuti e A. De Santis) 'Sistemi Dinamici: Model listica\, Analisi e Controllo' edito da McGraw-Hill (2009). E' uno dei pio nieri della 'Network Medicine' in Italia\, con il suo primo articolo del 2 004 sulle reti metaboliche\, presentato in una lezione invitata ad un work shop organizzato dal German Research Center for Biotechnology nel 2004. Da allora ha pubblicato più di 30 lavori sul tema della 'network medicine'. Attualmente\, collabora in Sapienza con il laboratorio di Oncogenomica (Pr of.ssa Ferretti) e con il laboratorio di immunologia oncologica (Prof.ssa Marianna Nuti). Da alcuni anni ha una collaborazione continuativa sul tema della network medicine con il Prof. Ed Silverman\, direttore del dipartim ento (Channing division) di network medicine della Harvard Medical School e con il Prof. Joseph Loscalzo\, direttore del dipartimento di medicina de l 'Brigham and Women's Hospital'\, Harvard Medical School. Nel corso della sua attività di ricerca\, oltre alla 'network medicine'\, si è occupato d i sistemi lineari positivi ed in particolare del problema della realizzazi one\, raggiungibilità e identificazione\, del controllo di sistemi con vin coli sullo stato e sull'ingresso\, di filtraggio in fibra ottica e con sis temi di rilevazione ad accoppiamento di carica (CCD). Inoltre\, nel campo dell'analisi dei dati biomedici\, si è occupato di identificazione di sist emi compartimentali\, dell'identificazione e regolazione post-trascriziona le dei cicli cellulari\, dell'analisi del trascrittoma di vitis vinifera\, dell'attività di trascritti non codificanti nelle reti ceRNA\, del riposi zionamento dei farmaci per il CoViD-19\, della classificazione dell'imagin g e dell'integrazione dei miRNA per la diagnosi precoce del tumore alla pr ostata e dell'identificazione dei geni di malattia (disease genes). Le ric erche in corso riguardano l'utilizzo di biomarcatori di rete in biopsia li quida per vari tumori utilizzando misure di miRNA circolanti e lo studio d ella risposta alle immuno-terapie nel tumore al polmone.    DTSTART;TZID=Europe/Paris:20220325T130000 DTEND;TZID=Europe/Paris:20220325T130000 LAST-MODIFIED:20220321T184229Z LOCATION:Aula A6 + Zoom SUMMARY:Seminario pubblico di Lorenzo Farina - \n\n\n \n \n\n \n\n\nLo renzo\n\n\nFarina \n\n \n\n \n\n\n\n\n\nProfessore ordinario\n\nstanz a: \n\nA106\n\ntelefono: \n\n+39 0677274088 \n\n \n\n \n\nBiografia:  \n\n\n\nLorenzo Farina si è laureato in Ingegneria Elettronica (cum laude) e conseguito il dottorato di ricerca in 'Ingegneria dei Sistemi' alla Sap ienza\, Università di Roma. Attualmente è professore ordinario (settore di sciplinare ING-INF/06 - Bioingegneria elettronica e informatica) presso la stessa università. E' co-destinatario del 'Guillemin-Cauer Award' del 200 1 per il miglior articolo apparso sulle IEEE Transactions on Circuits and Systems\, del premio 'SysBio' per il miglior articolo dell'anno 2014 ed è stato membro dal 2005 al 2008 del comitato scientifico del 'Ruberti Prize' della IEEE Control Systems Society. Ha partecipato alla istituzione (insi eme a G. Macino) del corso di laurea triennale interfacoltà in 'Bioinforma tics'\, primo corso di laurea in Italia nel settore delle biotecnologie ch e riunisce competenze multidisciplinari da 4 facoltà (I3S\, Scienze\, Medi cina e Chirurgia\, Medicina e Farmacia). Ha partecipato alla istituzione d el corso di laurea in 'Medicina e Chirurgia HT' come rappresentante dela f acoltà I3S. Inoltre\, ha partecipato alla istituzione (insieme a P. Marche tti\, M. Nuti\, E. Ferretti e A. Rughetti) del corso di dottorato in 'Netw ork oncology and precision medicine'. Sul tema di ricerca della 'network m edicine' ha tenuto numerose lezioni invitate\, fra le quali\, un seminario  all'Accademia Nazionale de Lincei\, due seminari alla Sapienza School for Advanced Studies\, uno alla International School of Advanced Studies (SIS SA) di Trieste\, una al centro di Oncogenomica dell'Istituto Regina Elena di Roma ed una alla prima conferenza congiunta Harvard/Sapienza su 'Networ k medicine and big data: the trasformation of medicine' che si è tenuta a Roma\, nel 2018. E' co-autore (con S. Rinaldi) del volume 'Positive Linear Systems: Theory and Applications' Edito da Wiley (2000) che ha ricevuto p iù di 2500 citazioni (fonte Google Scholar) e del libro di testo (con L. B envenuti e A. De Santis) 'Sistemi Dinamici: Modellistica\, Analisi e Contr ollo' edito da McGraw-Hill (2009). E' uno dei pionieri della 'Network Medi cine' in Italia\, con il suo primo articolo del 2004 sulle reti metabolich e\, presentato in una lezione invitata ad un workshop organizzato dal Germ an Research Center for Biotechnology nel 2004. Da allora ha pubblicato più di 30 lavori sul tema della 'network medicine'. Attualmente\, collabora i n Sapienza con il laboratorio di Oncogenomica (Prof.ssa Ferretti) e con il laboratorio di immunologia oncologica (Prof.ssa Marianna Nuti). Da alcuni anni ha una collaborazione continuativa sul tema della network medicine c on il Prof. Ed Silverman\, direttore del dipartimento (Channing division) di network medicine della Harvard Medical School e con il Prof. Joseph Los calzo\, direttore del dipartimento di medicina del 'Brigham and Women's Ho spital'\, Harvard Medical School. Nel corso della sua attività di ricerca\ , oltre alla 'network medicine'\, si è occupato di sistemi lineari positiv i ed in particolare del problema della realizzazione\, raggiungibilità e i dentificazione\, del controllo di sistemi con vincoli sullo stato e sull'i ngresso\, di filtraggio in fibra ottica e con sistemi di rilevazione ad ac coppiamento di carica (CCD). Inoltre\, nel campo dell'analisi dei dati bio medici\, si è occupato di identificazione di sistemi compartimentali\, del l'identificazione e regolazione post-trascrizionale dei cicli cellulari\, dell'analisi del trascrittoma di vitis vinifera\, dell'attività di trascri tti non codificanti nelle reti ceRNA\, del riposizionamento dei farmaci pe r il CoViD-19\, della classificazione dell'imaging e dell'integrazione dei miRNA per la diagnosi precoce del tumore alla prostata e dell'identificaz ione dei geni di malattia (disease genes). Le ricerche in corso riguardano l'utilizzo di biomarcatori di rete in biopsia liquida per vari tumori uti lizzando misure di miRNA circolanti e lo studio della risposta alle immuno -terapie nel tumore al polmone.   \n\n \n\n\nInteressi di ricerca: \n\n\n \nLa mia attività di ricerca nel periodo 1994-2005\, si è svolta in larghi ssima parte sulla parte di modellistica con sistemi di equazioni differenz iali ordinarie (teoria dei sistemi) e solo in modo marginale sulla parte d i teoria del controllo. Infatti\, sia la mia tesi di laurea che di dottora to hanno trattato temi di teoria dei sistemi\, e più precisamente l’impatt o della positività delle variabili di stato\, ingresso e uscita su problem i tipici della teoria dei sistemi\, e cioè raggiungibilità\, osservabilità \, identificazione e realizzazione. Oggetto di studio sono quindi stati i cosiddetti “sistemi positivi” e cioè sistemi (ODE) le cui variabili di sta to posso solo assumere valori positivi (o non-negativi) per dei vincoli do vuti alla natura fisica delle variabili stesse\, come concentrazioni di sp ecie chimiche o molecolari. Su questo tema ho pubblicato nel 2000 un libro con il Prof. Sergio Rinaldi (Politecnico di Milano) edito da Wiley dal ti tolo “Positive linear systems: theory and applications”: https://www.wiley .com/en-us/Positive+Linear+Systems%3A+Theory+and+Applications-p-9780471384 564 dove è presente un capitolo intero dedicato ai sistemi compartimentali . Infatti\, la classe dei sistemi positivi stabili coincide con i sistemi compartimentali\, a meno di fattori di scala nella quantificazione delle v ariabili di stato (si veda l’articolo n. 36). Come è noto\, lo studio dell e proprietà dei sistemi compartimentali è uno dei temi “storici” della bio ingegneria che si occupa di modelli di sistemi fisiologici (dai componenti cellulari\, agli apparati ed agli organi). In particolare\, la mia attivi tà di ricerca nel settore dei sistemi compartimentali (si vedano ad esempi o gli articoli n. 34\, 36\, 74\, 75 e 89) è evidenziata dal fatto che il p roblema su cui si è concentrata principalmente la mia attività di ricerca in questo periodo\, è quello del problema della “realizzazione positiva” c he nasce proprio come problema relativo alla determinazione del numero di compartimenti (e cioè di organi) coinvolti nella dinamica di un farmaco (o tracciante) iniettato per via endovenosa sulla base della sola misura del la sua concentrazione nel circolo sanguigno. Il problema è ben descritto p er esempio nel volume: F. Kajiya\, S. Kodama\, H. Abe\, Eds.\, Compartment al Analysis. Medical Applications and Theoretical Background\, S. Karger\, 1984\, nel capitolo 4 intitolato: “Realization problems in linear compart mental systems”. Pertanto\, il problema della realizzazione dei sistemi co mpartimentali coincide con lo stesso problema per i sistemi positivi. Anal ogamente\, anche le proprietà di raggiungibilità\, osservabilità ed identi ficabilità dei sistemi compartimentali coincide con gli stessi problemi ne i sistemi positivi. Naturalmente\, il vincolo di positività sulle variabil i di stato è presente anche in altri sistemi\, come per esempio nei filtri ad accoppiamento di carica o in fibra ottica\, che mi ha permesso di appl icare la teoria della realizzazione positiva anche in questi ambiti (otten endo “Guillemin-Cauer award” della IEEE Circuits and Systems Society per i l 2001\, insieme a B.D.O. Anderson e L. Benvenuti). Ho preso servizio il 1 Novembre 2000 come professore associato nel settore disciplinare ING-INF/ 04 (Automatica) ed ho conseguito l’abilitazione nazionale a professore ord inario nello stesso settore disciplinare nella tornata 2012. Nel 2013\, il CUN ha positivamente valutato la mia richiesta di cambio di settore disci plinare da ING-INF/04 a ING-INF/06\, in considerazione della congruità del la mia attività di ricerca e curriculum con il settore disciplinare ING-IN F/06. Tale mia richiesta si era resa necessaria in seguito al pensionament o di due strutturati Sapienza del settore disciplinare ING-INF/06\, che av rebbe avuto come conseguenza lo spegnimento del corso di laurea magistrale in Ingegneria Biomedica\, a causa dei requisiti di legge che impongono un numero minimo di docenti incardinati nei settori caratterizzanti. A segui to del cambio di settore nel 2013\, la mia attività didattica e di ricerca - già orientata verso l’ambito biologico - si è quindi definitivamente ri volta verso l’area bio-medica\, come testimoniato dagli articoli prodotti e dai corsi da me svolti. La mia attività di ricerca nel periodo 2005-2021 \, sì è dedicata alla bioinformatica e all’analisi modellistica/computazio nale di dati e segnali biomedici molecolari (trascrittomica\, proteomica\, epigenomica\, microbiomica\, metabolomica\, ecc.). Inizialmente sono stat e sviluppate tematiche di maggiore rilevanza biologica e\, in seguito al m io cambio di settore disciplinare\, l’attività di ricerca si è rivolta all o sviluppo di metodologie biomediche a fini diagnostici\, prognostici\, pr edittivi e terapeutici. Ho preso servizio il 31/3/2022 come professore ord inario del settore ING-INF/06 (Bioingegneria elettronica e Informatica). L a metodologia bioinformatica di analisi di dati molecolari da me maggiorme nte utilizzata in ambito medico è definita in letteratura come “network me dicine” e consiste nell’applicazione della scienza delle reti complesse al la medicina molecolare. I principali risultati della ricerca biomedica svo lta riguardano l’individuazione di meccanismi molecolari alla base dello s viluppo e progressione di malattie complesse\, come per esempio le patolog ie tumorali (tumore al seno\, glioblastoma\, tumore alla tiroide) o respir atorie croniche (COPD). Altri risultati della ricerca riguardano il cosidd etto “riposizionamento dei farmaci” e cioè metodologie basate su reti per l’individuazione di farmaci approvati dagli enti regolatori (FDA\, AIFA)\, che possano essere proposti per la sperimentazione clinica in relazione a patologie differenti\, risparmiando così sui tempi ed i costi associati a lla prima fase del trial clinico di valutazione del dosaggio e della tossi cità. Questo approccio è stato usato\, per esempio\, nel caso del CoViD-19 . L’attività di ricerca si svolge anche in collaborazione con oncologi\, p atologi\, clinici e radiologi\, ordinari Sapienza\, come il Proff. Sebasti ano Filetti\, Carlo Catalano\, Paolo Marchetti\, Marianna Nuti\, Elisabett a Ferretti e con i Proff. Edwin Silverman (Direttore della Channing Divisi on of Network Medicine) e Joseph Loscalzo (Direttore del Dipartimento di M edicina) della Harvard Medical School\, BWH\, Boston\, USA.\n\n\n\n\n \n\n \nqualifica_rr: \n\nProfessors URL;TYPE=URI:http://www.ugov-ricerca.uniroma1.it/node/24096 END:VEVENT END:VCALENDAR